米埔自然保護區是米埔內后海灣拉姆薩爾濕地的一部分，為生物多樣性區(BMZ)，並再劃分為多個不同區域，各有其管理目標。由於這些目標十分廣泛，世界自然基金會已就保護區制定一份更詳盡的五年管理計劃。
本計劃適用於2006至2010年，當中清楚列明管理目標如下：
- 管理米埔自然保護區，以維持及在可能的情況下，增加華南沿岸濕地的生境種類，以及境內原生野生物種的種類和數目
- 推廣運用保護區作教育用途，教育學生及普羅大眾(當中包括為傷健人士提供特殊設施及參觀團)
- 發展這片拉姆薩爾濕地的培訓潛力，以推廣濕地保育及善用由東亞─澳大拉西亞飛行航道，特別是位於中國境內的路線
- 促進各項有關管理，以及濕地和境內物種的保育的科學研究
- 推廣及支持有關減低保護區生境及境內物種面對的外來威脅之措施
每年世界自然基金會均推行一系列的生境管理工作及基建設施，以達成以上目標。當中包括在米埔基圍進行大型的淤泥挖掘工程，以至堤岸及小徑沿途的除草工作。基建項目則包括修建現有的觀鳥屋、木橋、基圍小屋及新建設施。
如在2007年於潮間帶紅樹林興建及開放通往觀鳥浮屋的固定木橋。
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