天然岩岸為超過 180 種魚類提供河口生境，同時亦是商業魚類和甲殼類的主要產卵及育苗場。大嶼山西面與西南面是中華白海豚僅存的主要棲息地，但白海豚數量於 2003 至 2019 年間暴跌逾七成。南中國獨有的黃唇魚以往常見於香港，但亦面臨絕種威脅。二澳一帶則可以找到成年圓尾鱟。大嶼山西南海岸公園已於 2020 年成立以保育中華白海豚，但不斷擴展的填海工程和高速船航行大幅增加了大嶼山水域白海豚面對的生存壓力。​
 

沿岸填海工程和高速船航行嚴重威脅主要於大嶼山水域棲息的中華白海豚。西大嶼山及北大嶼山非法漁業活動猖獗，絕對不容忽視。西大嶼的海上發展及船舶交通壓力相對較低，但觀豚活動或會增加白海豚面對的壓力，干擾其社交、休息和覓食等行為。​

珠江口排放的污水所含有毒物質及污染物，有機會積聚在白海豚及其他生物的體內。雨季期間經常有大量源自珠江口的海洋垃圾沖入大嶼山水域。​

在 2024 年或之前設立海豚保育管理區，以保護大嶼山西面和南面水域重要的海豚覓食棲息地，為中華白海豚設立受保護的生態走廊，並恢復漁業資源，鼓勵可持續利用海洋資源；​

嚴格規管海豚管理區內及周邊的海上交通及其他人為活動；​

與政府及漁民合作，打擊非法、不可持續的漁業活動；​

監管刺網捕魚，禁止使用蛇籠等非選擇性的捕魚方式，減低海洋生物被漁具纏繞的風險；​

設立觀豚守則以監管觀豚活動；​

與學界、漁民、業界、本地社區、和非政府組織合作，採取共同管理的方式管理海洋保護區。​