水口灣由多種海岸生境組成，包括紅樹林、潮澗帶沙灘及泥灘、大石群及石灘。由於它的多元生境特徵，水口擁有豐富的生物多樣性，孕育超過180種物種，當中包括「活化石」馬蹄蟹。

可是水口灣一帶正受休閒活動的干擾，例如掘蜆活動。現時掘蜆活動並沒有任何法律規管，遊人掘蜆時有機會誤踩幼年馬蹄蟹，而且過度掘蜆也會改變泥灘中底棲物種結構、密度和獵物的數量。體型大的文蛤亦因過度挖掘而逐漸消失。